Les hypothyroïdies secondaire et tertiaire ne viennent pas de la thyroïde. Elles résultent d'une déficience au niveau de l'hypophyse (hypothyroïdie secondaire), voire, plus rarement, de l'hypothalamus (hypothyroïdie tertiaire). Une tumeur, par exemple, peut compresser l'une de ces deux zones et réduire sa production d'hormones (TRH pour l'hypothalamus et TSH pour l'hypophyse). La thyroïde, moins stimulée en cas de plus faible production de TRH ou de TSH, sécrète moins d'hormones thyroïdiennes: c'est l'hypothyroïdie
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