Les traitements immunosuppresseurs mis en place permettent de limiter le risque de rejet de la greffe de moelle par le système immunitaire.
Par contre, l’agression peut provenir des cellules greffées elles-mêmes. Dans ce cas, ces dernières s’attaquent à différents organes du patient: foie, peau, intestins... Ce phénomène appelé maladie du greffon contre le receveur (GVHD) est la principale complication de la greffe de moelle osseuse et peut s’avérer mortel.