Avec la durée de vie des patients qui s'allonge, de nouveaux effets secondaires liés aux trithérapies apparaissent. Parmi ceux-ci, les risques de maladies cardiovasculaires comme l'infarctus du myocarde ou l'accident vasculaire cérébral. Ils seraient liés à une toxicité directe du virus. Les patients en arrêt thérapeutique présentent, d'ailleurs, un risque accru de maladie cardiovasculaire indépendant de l'immunodépression sous-jacente.
Autre cause de ce risque augmenté: certains antirétroviraux perturberaient le métabolisme (la gestion) des lipides (graisses), ce qui augmenterait le taux de cholestérol et donc le risque de maladies cardiovasculaires.
